Table 6 GEM predicted flux changes vs. experimental gene expression level changes
Reaction | Flux change | TPM change (trial I) | TPM change (trial II) | Reaction | Flux change | TPM change (trial I) | TPM change (trial II) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
GAPD | + | + | + | TKT1 | − | − | − |
PGK | + | + | + | G6PI | − | − | − |
PGM | + | + | + | G6PDH | − | − | − |
ENO | + | + | + | PGL | − | − | − |
PYK | + | + | + | GND | − | − | − |
ATPSm | − | o | − | NADH2-u6t | + | + | o |
ATPtm-H | − | + | + | GLUD2 | − | − | − |
PYRDC | + | + | + | RPE | + | − | − |
ALCDH | + | + | + | ACS1 | − | − | − |
XYLUR | + | + | + | ALDDH1 | − | − | − |
XYLK | + | + | + | PDHm | − | − | − |
CYOR_u6m | − | o | − | PC | − | o | − |
SUCCDH1m | − | o | − | ASPGLU2 m | + | − | − |
G3PD1* | − | − | − | PYRC | + | − | − |
NADHDH* | − | − | − | P5CR | + | − | − |
G3PDm | − | o | − | PRO1 m | + | − | − |
RPI | − | − | − | PYRCm | + | − | − |
FBA | + | − | + | ACONHm | − | − | − |
PFK | + | + | + | CITSm | − | − | − |
TPI | + | + | + | ICDH1m | − | − | − |
TKT2 | − | − | − | FUMm | − | − | − |
TALA | − | + | + | MDHm | − | − | − |
CYOOm | − | + | + | SUCCDHpm | − | − | − |