TY - JOUR AU - Wilson, W. A. AU - Roach, P. J. AU - Montero, M. AU - Baroja-Fernández, E. AU - Muñoz, F. J. AU - Eydallin, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulation of glycogen metabolism in yeast and bacteria JO - FEMS Microbiol Rev VL - 34 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2010.00220.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2010.00220.x ID - Wilson2010 ER - TY - JOUR AU - Pajoro, A. AU - Madrigal, P. AU - Muiño, J. M. AU - Matus, J. T. AU - Jin, J. AU - Mecchia, M. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dynamics of chromatin accessibility and gene regulation by MADS-domain transcription factors in flower development JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r41 DO - 10.1186/gb-2014-15-3-r41 ID - Pajoro2014 ER - TY - JOUR AU - Haverkorn van Rijsewijk, B. R. B. AU - Nanchen, A. AU - Nallet, S. AU - Kleijn, R. J. AU - Sauer, U. PY - 2011 DA - 2011// TI - Large-scale 13C-flux analysis reveals distinct transcriptional control of respiratory and fermentative metabolism in Escherichia coli JO - Mol Syst Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2011.9 DO - 10.1038/msb.2011.9 ID - Haverkorn van Rijsewijk2011 ER - TY - JOUR AU - Venters, B. J. AU - Wachi, S. AU - Mavrich, T. N. AU - Andersen, B. E. AU - Jena, P. AU - Sinnamon, A. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - A comprehensive genomic binding map of gene and chromatin regulatory proteins in Saccharomyces JO - Mol Cell VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2011.01.015 DO - 10.1016/j.molcel.2011.01.015 ID - Venters2011 ER - TY - JOUR AU - Alonso-Gutierrez, J. AU - Kim, E. -. M. AU - Batth, T. S. AU - Cho, N. AU - Hu, Q. AU - Chan, L. J. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Principal component analysis of proteomics (PCAP) as a tool to direct metabolic engineering JO - Metab Eng VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2014.11.011 DO - 10.1016/j.ymben.2014.11.011 ID - Alonso-Gutierrez2015 ER - TY - JOUR AU - Lee, M. E. AU - Aswani, A. AU - Han, A. S. AU - Tomlin, C. J. AU - Dueber, J. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Expression-level optimization of a multi-enzyme pathway in the absence of a high-throughput assay JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt809 DO - 10.1093/nar/gkt809 ID - Lee2013 ER - TY - JOUR AU - Scalcinati, G. AU - Knuf, C. AU - Partow, S. AU - Chen, Y. AU - Maury, J. AU - Schalk, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dynamic control of gene expression in Saccharomyces cerevisiae engineered for the production of plant sesquitepene α-santalene in a fed-batch mode JO - Metab Eng VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2012.01.007 DO - 10.1016/j.ymben.2012.01.007 ID - Scalcinati2012 ER - TY - JOUR AU - Tippmann, S. AU - Chen, Y. AU - Siewers, V. AU - Nielsen, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - From flavors and pharmaceuticals to advanced biofuels: production of isoprenoids in Saccharomyces cerevisiae JO - Biotechnol J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1002/biot.201300028 DO - 10.1002/biot.201300028 ID - Tippmann2013 ER - TY - JOUR AU - Farhi, M. AU - Marhevka, E. AU - Masci, T. AU - Marcos, E. AU - Eyal, Y. AU - Ovadis, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Harnessing yeast subcellular compartments for the production of plant terpenoids JO - Metab Eng VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2011.05.001 DO - 10.1016/j.ymben.2011.05.001 ID - Farhi2011 ER - TY - JOUR AU - Scalcinati, G. AU - Partow, S. AU - Siewers, V. AU - Schalk, M. AU - Daviet, L. AU - Nielsen, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Combined metabolic engineering of precursor and co-factor supply to increase α-santalene production by Saccharomyces cerevisiae JO - Microb Cell Fact VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1475-2859-11-117 DO - 10.1186/1475-2859-11-117 ID - Scalcinati2012 ER - TY - JOUR AU - Shevchenko, A. AU - Simons, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Lipidomics: coming to grips with lipid diversity JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrm2934 DO - 10.1038/nrm2934 ID - Shevchenko2010 ER - TY - JOUR AU - Jullesson, D. AU - David, F. AU - Pfleger, B. AU - Nielsen, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Impact of synthetic biology and metabolic engineering on industrial production of fine chemicals JO - Biotechnol Adv VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2015.02.011 DO - 10.1016/j.biotechadv.2015.02.011 ID - Jullesson2015 ER - TY - JOUR AU - Daum, G. AU - Lees, N. D. AU - Bard, M. AU - Dickson, R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Biochemistry, cell biology and molecular biology of lipids of Saccharomyces cerevisiae JO - Yeast VL - 14 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-Y DO - 3.0.CO;2-Y ID - Daum1998 ER - TY - JOUR AU - Sorger, D. AU - Daum, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Synthesis of triacylglycerols by the acyl-coenzyme A:diacyl-glycerol acyltransferase Dga1p in lipid particles of the yeast Saccharomyces cerevisiae JO - J Bacteriol. VL - 184 UR - https://doi.org/10.1128/JB.184.2.519-524.2002 DO - 10.1128/JB.184.2.519-524.2002 ID - Sorger2002 ER - TY - JOUR AU - Fang, Z. AU - Chen, Z. AU - Wang, S. AU - Shi, P. AU - Shen, Y. AU - Zhang, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Overexpression of OLE1 enhances cytoplasmic membrane stability and confers resistance to cadmium in Saccharomyces cerevisiae JO - Appl Environ Microbiol ID - Fang2016 ER - TY - JOUR AU - Qiao, K. AU - Hussain, S. AU - Abidi, I. AU - Liu, H. AU - Zhang, H. AU - Chakraborty, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica JO - Metab Eng VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2015.02.005 DO - 10.1016/j.ymben.2015.02.005 ID - Qiao2015 ER - TY - JOUR AU - Runguphan, W. AU - Keasling, J. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals JO - Metab Eng VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2013.07.003 DO - 10.1016/j.ymben.2013.07.003 ID - Runguphan2014 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, L. A. AU - Larson, M. H. AU - Morsut, L. AU - Liu, Z. AU - Brar, G. A. AU - Torres, S. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - CRISPR-mediated modular RNA-guided regulation of transcription in eukaryotes JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.06.044 DO - 10.1016/j.cell.2013.06.044 ID - Gilbert2013 ER - TY - JOUR AU - Qi, L. S. AU - Larson, M. H. AU - Gilbert, L. A. AU - Doudna, J. A. AU - Weissman, J. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression JO - Cell VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.02.022 DO - 10.1016/j.cell.2013.02.022 ID - Qi2013 ER - TY - JOUR AU - Maeder, M. L. AU - Linder, S. J. AU - Cascio, V. M. AU - Fu, Y. AU - Ho, Q. H. AU - Joung, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - CRISPR RNA-guided activation of endogenous human genes JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2598 DO - 10.1038/nmeth.2598 ID - Maeder2013 ER - TY - JOUR AU - Vanegas, K. G. AU - Lehka, B. J. AU - Mortensen, U. H. PY - 2017 DA - 2017// TI - SWITCH: a dynamic CRISPR tool for genome engineering and metabolic pathway control for cell factory construction in Saccharomyces cerevisiae JO - Microb Cell Fact VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12934-017-0632-x DO - 10.1186/s12934-017-0632-x ID - Vanegas2017 ER - TY - JOUR AU - Deaner, M. AU - Alper, H. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Systematic testing of enzyme perturbation sensitivities via graded dCas9 modulation in Saccharomyces cerevisiae JO - Metab Eng VL - 40 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2017.01.012 DO - 10.1016/j.ymben.2017.01.012 ID - Deaner2017 ER - TY - JOUR AU - Smith, J. D. AU - Suresh, S. AU - Schlecht, U. AU - Wu, M. AU - Wagih, O. AU - Peltz, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Quantitative CRISPR interference screens in yeast identify chemical-genetic interactions and new rules for guide RNA design JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-0900-9 DO - 10.1186/s13059-016-0900-9 ID - Smith2016 ER - TY - JOUR AU - Zalatan, J. G. AU - Lee, M. E. AU - Almeida, R. AU - Gilbert, L. A. AU - Whitehead, E. H. AU - Russa, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Engineering complex synthetic transcriptional programs with CRISPR RNA scaffolds JO - Cell VL - 160 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.052 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.052 ID - Zalatan2014 ER - TY - JOUR AU - Chavez, A. AU - Scheiman, J. AU - Vora, S. AU - Pruitt, B. W. AU - Tuttle, M. AU - Iyer, E. P. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Highly efficient Cas9-mediated transcriptional programming JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3312 DO - 10.1038/nmeth.3312 ID - Chavez2015 ER - TY - JOUR AU - Montague, T. G. AU - Cruz, J. M. AU - Gagnon, J. A. AU - Church, G. M. AU - Valen, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - CHOPCHOP: a CRISPR/Cas9 and TALEN web tool for genome editing JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku410 DO - 10.1093/nar/gku410 ID - Montague2014 ER - TY - JOUR AU - Verwaal, R. AU - Wang, J. AU - Meijnen, J. P. AU - Visser, H. AU - Sandmann, G. AU - Berg, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-level production of beta-carotene in Saccharomyces cerevisiae by successive transformation with carotenogenic genes from Xanthophyllomyces dendrorhous JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02759-06 DO - 10.1128/AEM.02759-06 ID - Verwaal2007 ER - TY - JOUR AU - Jakočiūnas, T. AU - Rajkumar, A. S. AU - Zhang, J. AU - Arsovska, D. AU - Rodriguez, A. AU - Jendresen, C. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - CasEMBLR: Cas9-facilitated multiloci genomic integration of in vivo assembled DNA parts in Saccharomyces cerevisiae JO - ACS Synth Biol. VL - 4 UR - https://doi.org/10.1021/acssynbio.5b00007 DO - 10.1021/acssynbio.5b00007 ID - Jakočiūnas2015 ER - TY - JOUR AU - Paddon, C. J. AU - Westfall, P. J. AU - Pitera, D. J. AU - Benjamin, K. AU - Fisher, K. AU - McPhee, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - High-level semi-synthetic production of the potent antimalarial artemisinin JO - Nature VL - 496 UR - https://doi.org/10.1038/nature12051 DO - 10.1038/nature12051 ID - Paddon2013 ER - TY - JOUR AU - Konermann, S. AU - Brigham, M. D. AU - Trevino, A. E. AU - Joung, J. AU - Abudayyeh, O. O. AU - Barcena, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex JO - Nature VL - 517 UR - https://doi.org/10.1038/nature14136 DO - 10.1038/nature14136 ID - Konermann2014 ER - TY - JOUR AU - Kennedy, M. A. AU - Bard, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Positive and negative regulation of squalene synthase (ERG9), an ergosterol biosynthetic gene, in Saccharomyces cerevisiae JO - Biochim Biophys Acta. VL - 1517 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-4781(00)00246-3 DO - 10.1016/S0167-4781(00)00246-3 ID - Kennedy2001 ER - TY - JOUR AU - Tong, Y. AU - Charusanti, P. AU - Zhang, L. AU - Weber, T. AU - Lee, S. Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - CRISPR-Cas9 based engineering of actinomycetal genomes JO - ACS Synth Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1021/acssynbio.5b00038 DO - 10.1021/acssynbio.5b00038 ID - Tong2015 ER - TY - JOUR AU - Kaplan, N. AU - Moore, I. K. AU - Fondufe-Mittendorf, Y. AU - Gossett, A. J. AU - Tillo, D. AU - Field, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - The DNA-encoded nucleosome organization of a eukaryotic genome JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07667 DO - 10.1038/nature07667 ID - Kaplan2009 ER - TY - JOUR AU - Horlbeck, M. A. AU - Witkowsky, L. B. AU - Guglielmi, B. AU - Replogle, J. M. AU - Gilbert, L. A. AU - Villalta, J. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Nucleosomes impede Cas9 access to DNA in vivo and in vitro JO - Elife VL - 5 ID - Horlbeck2016 ER - TY - JOUR AU - Isaac, R. S. AU - Jiang, F. AU - Doudna, J. A. AU - Lim, W. A. AU - Narlikar, G. J. AU - Almeida, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Nucleosome breathing and remodeling constrain CRISPR-Cas9 function JO - Elife VL - 5 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.13450 DO - 10.7554/eLife.13450 ID - Isaac2016 ER - TY - JOUR AU - Casanovas, A. AU - Sprenger, R. R. AU - Tarasov, K. AU - Ruckerbauer, D. E. AU - Hannibal-Bach, H. K. AU - Zanghellini, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Quantitative analysis of proteome and lipidome dynamics reveals functional regulation of global lipid metabolism JO - Chem Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2015.02.007 DO - 10.1016/j.chembiol.2015.02.007 ID - Casanovas2015 ER - TY - JOUR AU - Shi, S. AU - Chen, Y. AU - Siewers, V. AU - Nielsen, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Improving production of malonyl coenzyme A-derived metabolites by abolishing Snf1-dependent regulation of Acc1 JO - MBio. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.01130-14 DO - 10.1128/mBio.01130-14 ID - Shi2014 ER - TY - JOUR AU - Rodrigues-Pousada, C. AU - Menezes, R. A. AU - Pimentel, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Yap family and its role in stress response JO - Yeast VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/yea.1752 DO - 10.1002/yea.1752 ID - Rodrigues-Pousada2010 ER - TY - JOUR AU - Bonke, M. AU - Turunen, M. AU - Sokolova, M. AU - Vaharautio, A. AU - Kivioja, T. AU - Taipale, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptional networks controlling the cell cycle JO - G3 Genes Genomes Genet VL - 3 ID - Bonke2013 ER - TY - JOUR AU - Amiri, P. AU - Shahpiri, A. AU - Asadollahi, M. A. AU - Momenbeik, F. AU - Partow, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for linalool production JO - Biotechnol Lett VL - 38 UR - https://doi.org/10.1007/s10529-015-2000-4 DO - 10.1007/s10529-015-2000-4 ID - Amiri2016 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. K. AU - Han, G. H. AU - Seong, W. AU - Kim, H. AU - Kim, S. -. W. AU - Lee, D. -. H. PY - 2016 DA - 2016// TI - CRISPR interference-guided balancing of a biosynthetic mevalonate pathway increases terpenoid production JO - Metab Eng ID - Kim2016 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, C. M. AU - Hussain, M. S. AU - Blenner, M. AU - Wheeldon, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - Synthetic RNA polymerase III promoters facilitate high-efficiency CRISPR–Cas9-mediated genome editing in Yarrowia lipolytica JO - ACS Synth Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1021/acssynbio.5b00162 DO - 10.1021/acssynbio.5b00162 ID - Schwartz2016 ER - TY - JOUR AU - Oakes, B. L. AU - Nadler, D. C. AU - Flamholz, A. AU - Fellmann, C. AU - Staahl, B. T. AU - Doudna, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Profiling of engineering hotspots identifies an allosteric CRISPR-Cas9 switch JO - Nat Biotechnol ID - Oakes2016 ER - TY - JOUR AU - Zetsche, B. AU - Gootenberg, J. S. AU - Abudayyeh, O. O. AU - Slaymaker, I. M. AU - Makarova, K. S. AU - Essletzbichler, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cpf1 Is a single RNA-guided endonuclease of a class 2 CRISPR-Cas system JO - Cell VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.09.038 DO - 10.1016/j.cell.2015.09.038 ID - Zetsche2015 ER - TY - JOUR AU - Maji, B. AU - Moore, C. L. AU - Zetsche, B. AU - Volz, S. E. AU - Zhang, F. AU - Shoulders, M. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Multidimensional chemical control of CRISPR-Cas9 JO - Nat Chem Biol ID - Maji2016 ER - TY - JOUR AU - Jessop-Fabre, M. M. AU - Jakočiūnas, T. AU - Stovicek, V. AU - Dai, Z. AU - Jensen, M. K. AU - Keasling, J. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - EasyClone-MarkerFree: a vector toolkit for marker-less integration of genes into Saccharomyces cerevisiae via CRISPR-Cas9 JO - Biotechnol J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1002/biot.201600147 DO - 10.1002/biot.201600147 ID - Jessop-Fabre2016 ER - TY - JOUR AU - Partow, S. AU - Siewers, V. AU - Bjørn, S. AU - Nielsen, J. AU - Maury, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characterization of different promoters for designing a new expression vector in Saccharomyces cerevisiae JO - Yeast VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/yea.1806 DO - 10.1002/yea.1806 ID - Partow2010 ER - TY - JOUR AU - Jakočiūnas, T. AU - Bonde, I. AU - Herrgård, M. AU - Harrison, S. J. AU - Kristensen, M. AU - Pedersen, L. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Multiplex metabolic pathway engineering using CRISPR/Cas9 in Saccharomyces cerevisiae JO - Metab Eng VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2015.01.008 DO - 10.1016/j.ymben.2015.01.008 ID - Jakočiūnas2015 ER - TY - JOUR AU - Gibson, D. G. AU - Young, L. AU - Chuang, R. -. Y. AU - Venter, J. C. AU - Hutchison, C. A. AU - Smith, H. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases JO - Nat Methods. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1318 DO - 10.1038/nmeth.1318 ID - Gibson2009 ER - TY - JOUR AU - Miura, F. AU - Kawaguchi, N. AU - Sese, J. AU - Toyoda, A. AU - Hattori, M. AU - Morishita, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome JO - Proc Natl Acad Sci VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0605645103 DO - 10.1073/pnas.0605645103 ID - Miura2006 ER - TY - JOUR AU - Khoomrung, S. AU - Chumnanpuen, P. AU - Jansa-Ard, S. AU - Ståhlman, M. AU - Nookaew, I. AU - Borén, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rapid quantification of yeast lipid using microwave-assisted total lipid extraction and HPLC-CAD JO - Anal Chem VL - 85 UR - https://doi.org/10.1021/ac3032405 DO - 10.1021/ac3032405 ID - Khoomrung2013 ER -