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Table 5 Primer sequence used in this study

From: Engineering of Serine-Deamination pathway, Entner-Doudoroff pathway and pyruvate dehydrogenase complex to improve poly(3-hydroxybutyrate) production in Escherichia coli

Primer name

Primer sequence (5’→3’)

serAF

TCTAGAGTCGAGCACAGCCGTATTCTAAGGAGGTCAAATGTGAGCCAGAATGGCCGTCC

serAR

GTAGTTTTGTCTCCGTTTAATTAGTCTTTAAGATCTTTAGCGAGCCAGATCCATCCACA

serBF

CGCTAAAGATCTTAAAGACTAATTAAACGGAGACAAAACTACATGCCTAACATTACCTG

serBR

CCTCCTTTATAAAATAGATTACTACCTTGGATCCTTACTTCTGATTCAGGCTGCCTGAG

serCF

GTAAGGATCCAAGGTAGTAATCTATTTTATAAAGGAGGAGGTAATGGCTCAAATCTTCA

serCR

CTTGCATGCCTGCAGGTCGACTTAACCGTGACGGCGTTCG

pTrc101R

TCTAGAGGATCCCCGGGTACCGAGCTC

pTrc101F

TCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAAGTCGACCTGCAGGCATGCAA

pgk_F

TCGAGCTCCGCACCACAAAAACGACACCATAGGGGGGCAAACGATGTCTGTAATTAAGA

pgk_R

GTGCGGAGCTCTTACTTCTTAGCGCGCTCTT

Primers for genetic manipulation

SdaAp U_F

TATACCGCCTTCCGCCGTTG

SdaAp U_R

AATGAGCCGGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTAGTCAGGGTTTCACACCAA

SdaAp T_F

ATGAGCTGTTGACAATTAATCATCCGGCTCATTACCCTGTTATCCCTACTAAGC

SdaAp T_R

TACTCCGTCGACTGTGTGACCACACATTATACGAGCCGGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTAGGGATAACAGGGTAATGTACC

SdaAp L_F

ATAATGTGTGGTCACACAGTCGACGGAGTAACGACTCTCGTAAATAAGGAGTTTAAAGTGATTAGTCTATTCGACAT

SdaAp L_R

AAACCGGGAATACTGTCGAT

Tet U

AGCTGAGTCAGGAGATGCGG

Tet R

AGCTGTTTCCTGGTTTAAAC

Ser U_F

CTGGTCGAAACTCAATAACTCC

Ser U_R

TTAATTGTCAACAGCTCATCCGCATCTCCTGACTCAGCTTTCCCCTCACCACGTTGCGT

Ser L_F

GTACAGTACTTCAATTTGTTTAAACCAGGAAACAGCTATGTCTGTAATTAAGATGACCG

Ser L_R

AGCATTATCAGAGAGTTGCCAT

PaceEF U_F

GCCAGAACTTCGAATTGCTC

PaceEF U_R

TGTCAACAGCTCATCCGCATCTCCTGACTCAGCTGGGTTATTCCTTATCTATC

PaceEF L_F

GTACAGTACTTCAATTTGTTTAAACCAGGAAACAGCTATGTCAGAACGTTTCCCAA

PaceEF L_R

CCAGTTCCAGATTACCCGGAT

Pzwf U_F

TCCGCACTGAAAGAAATCGAA

Pzwf U_R

TGTCAACAGCTCATCCGCATCTCCTGACTCAGCTCGCATTCTCCTTAAGTTAAC

Pzwf L_F

GTACAGTACTTCAATTTGTTTAAACCAGGAAACAGCTATGGCGGTAACGCAAACAG

Pzwf L_R

ATTCAGTTTTGCCTCGCCAAG

Pedd U_F

CAGAAACCTTTAATCAGACGCATC

Pedd U_R

ACAGGGTAATCTAGGACTGAGCTAGCTGTCAACCATAAAGGATAAGCGCAGAT

Pedd T_F

CTTTATGGTTGACAGCTAGCTCAGTCCTAGATTACCCTGTTATCCCTACTAAGCACT

Pedd T_R

TATACCTAGGACTGAGCTAGCTGTCAACCATAAAGAAGGGATAACAGGGTAATGTACCA

Pedd L_F

ACAGCTAGCTCAGTCCTAGGTATAATGCTAGCACGAACAGGCGTTTCAGTCATAAATCC

Pedd L_R

CGCAACATGCTTTTCAAAGAGG

Primers for RT-PCR

RTsdaA_F/R

CTATGAAGGCAGGTAAACAG/CGAGTAACGCTATCCAGTA

RTpgk_F/R

GTTCTAAAGTATCTACCAAACTG/ATACCACCACCAACAATC

RTSerA_F/R

CGATGGTGAG TGGAAACGCT/CGTAGGCAAGGATCTCATCA

RTSerB_F/R

GAGATCATGGACGGTAAA/ CAGAGTTTTCGCTTTGTA

RTSerC_F/R

TATTCCATCCTCAACGATA/GACCAGACCAGATAGATA

RTzwf_F/R

TTGCTAACTCCCTGTTTGT/CTTCTTCTGCCACGGTAA

RTaceE_F/R

TTACGAAGTTGCTGTCAT/AGCGTAGTGATGTAGTAGTA

RTaceF_F/R

AAATCCTGGTGAAAGTTG/TTCCATAGAAGCCTTGTC

RTlpd_F/R

CAGCAAGAAATTCAACCT/CCTTCCATCGTCACATAA

RTrrsA_F/R

TACGACCAGGGCTACACACG/ATCCGGACTACGACGCACTT