Metabolic responses to pyruvate kinase deletion in lysine producing Corynebacterium glutamicum

Becker, Judith; Klopprogge, Corinna; Wittmann, Christoph

doi:10.1186/1475-2859-7-8

Microbial Cell Factories

Table 4 Mass isotopomer fractions of amino acids from the cell protein and of secreted trehalose during cultivation of C. glutamicum lysC^fbr and lysC^fbr Δpyk on 99% [1-¹³C] glucose and on an equimolar mixture of 99% [¹³C₆] glucose and naturally labelled glucose, respectively.

From: Metabolic responses to pyruvate kinase deletion in lysine producing Corynebacterium glutamicum

		lysC^fbr				lysC^fbr Δpyk
Analyte (m/z)		[1-¹³C] glucose		50% [¹³C₆] glucose		[1-¹³C] glucose		50% [¹³C₆] glucose
		exp	calc	exp	calc	exp	calc	exp	calc
Ala₂₆₀	M₀	0.503	0.505	0.371	0.368	0.508	0.504	0.373	0.365
	M₁	0.356	0.359	0.140	0.141	0.353	0.357	0.139	0.144
	M₂	0.109	0.106	0.114	0.114	0.107	0.107	0.113	0.117
	M₃			0.375	0.377			0.376	0.375
Ala₂₃₂	M₀	0.536	0.540	0.410	0.408	0.538	0.540	0.415	0.408
	M₁	0.361	0.360	0.147	0.150	0.359	0.359	0.140	0.150
	M₂			0.443	0.442			0.445	0.442
Val₂₈₈	M₀	0.341	0.339	0.171	0.163	0.344	0.339	0.173	0.161
	M₁	0.396	0.401	0.091	0.091	0.397	0.400	0.089	0.092
	M₂	0.189	0.188	0.218	0.218	0.186	0.188	0.220	0.219
	M₃			0.236	0.236			0.236	0.236
	M₄			0.107	0.111			0.106	0.113
	M₅			0.177	0.181			0.177	0.180
Val₂₆₀	M₀	0.354	0.354	0.186	0.180	0.353	0.354	0.188	0.179
	M₁	0.400	0.403	0.095	0.097	0.399	0.402	0.093	0.097
	M₂	0.181	0.180	0.378	0.379	0.182	0.180	0.385	0.378
	M₃			0.133	0.135			0.128	0.136
	M₄			0.208	0.209			0.206	0.209
Val₁₈₆	M₀	0.388	0.393	0.200	0.195	0.387	0.393	0.205	0.194
	M₁	0.411	0.418	0.088	0.091	0.408	0.417	0.084	0.091
	M₂	0.154	0.154	0.395	0.397	0.155	0.155	0.404	0.396
	M₃			0.116	0.114			0.109	0.115
	M₄			0.201	0.204			0.198	0.204
Thr₄₀₄	M₀	0.333	0.331	0.173	0.167	0.327	0.329	0.167	0.161
	M₁	0.375	0.377	0.199	0.196	0.376	0.377	0.199	0.195
	M₂	0.197	0.196	0.195	0.200	0.200	0.198	0.205	0.209
	M₃			0.227	0.232			0.224	0.228
	M₄			0.206	0.205			0.206	0.207
Thr₃₇₆	M₀	0.372	0.371	0.198	0.198	0.366	0.370	0.194	0.192
	M₁	0.378	0.380	0.251	0.249	0.380	0.380	0.256	0.252
	M₂	0.184	0.183	0.298	0.297	0.187	0.184	0.296	0.296
	M₃			0.253	0.256			0.254	0.260
Asp₄₁₈	M₀	0.328	0.331	0.171	0.167	0.324	0.328	0.167	0.161
	M₁	0.374	0.376	0.197	0.196	0.374	0.376	0.200	0.195
	M₂	0.200	0.197	0.195	0.200	0.202	0.198	0.205	0.209
	M₃			0.228	0.232			0.223	0.229
	M₄			0.209	0.205			0.205	0.207
Asp₃₉₀	M₀	0.370	0.371	0.200	0.198	0.364	0.369	0.195	0.192
	M₁	0.376	0.379	0.250	0.248	0.379	0.379	0.256	0.252
	M₂	0.185	0.184	0.294	0.297	0.188	0.184	0.293	0.296
	M₃			0.255	0.257			0.256	0.260
Asp₃₁₆	M₀	0.405	0.408	0.214	0.212	0.398	0.406	0.209	0.206
	M₁	0.382	0.387	0.252	0.251	0.384	0.387	0.259	0.255
	M₂	0.160	0.158	0.290	0.293	0.164	0.159	0.288	0.291
	M₃			0.244	0.244			0.244	0.248
Glu₄₃₂	M₀	0.241	0.245	0.090	0.087	0.238	0.244	0.087	0.084
	M₁	0.358	0.366	0.127	0.124	0.359	0.365	0.128	0.125
	M₂	0.245	0.242	0.230	0.233	0.246	0.242	0.233	0.231
	M₃			0.238	0.241			0.245	0.244
	M₄			0.183	0.185			0.180	0.185
	M₅			0.132	0.130			0.127	0.132
Glu₃₃₀	M₀	0.335	0.331	0.156	0.147	0.334	0.330	0.155	0.144
	M₁	0.396	0.398	0.140	0.141	0.393	0.397	0.141	0.146
	M₂	0.193	0.194	0.336	0.336	0.195	0.196	0.340	0.332
	M₃			0.178	0.185			0.179	0.190
	M₄			0.189	0.191			0.185	0.189
Ser₃₉₀	M₀	0.443	0.443	0.344	0.345	0.445	0.442	0.342	0.342
	M₁	0.361	0.362	0.162	0.163	0.359	0.361	0.165	0.165
	M₂	0.145	0.145	0.123	0.123	0.145	0.146	0.128	0.127
	M₃			0.371	0.369			0.366	0.366
Ser₃₆₂	M₀	0.478	0.480	0.383	0.386	0.478	0.480	0.382	0.385
	M₁	0.375	0.375	0.169	0.170	0.375	0.374	0.174	0.171
	M₂			0.448	0.445			0.444	0.444
Ser₂₈₈	M₀	0.519	0.521	0.407	0.407	0.520	0.521	0.405	0.406
	M₁	0.368	0.368	0.151	0.149	0.368	0.368	0.154	0.150
	M₂			0.443	0.444			0.440	0.443
Phe₃₃₆	M₀	0.277	0.271	0.060	0.057	0.271	0.268	0.060	0.057
	M₁	0.382	0.386	0.054	0.052	0.380	0.383	0.054	0.052
	M₂	0.225	0.230	0.093	0.091	0.230	0.231	0.092	0.091
	M₃			0.144	0.137			0.142	0.137
	M₄			0.144	0.141			0.142	0.141
	M₅			0.142	0.141			0.140	0.142
	M₆			0.143	0.145			0.144	0.146
	M₇			0.102	0.107			0.103	0.107
	M₈			0.059	0.063			0.061	0.063
	M₉			0.060	0.066			0.061	0.065
Phe₂₃₄	M₀	0.311	0.313	0.072	0.069	0.306	0.309	0.073	0.069
	M₁	0.405	0.409	0.057	0.055	0.403	0.408	0.057	0.056
	M₂	0.209	0.208	0.157	0.157	0.212	0.210	0.157	0.156
	M₃			0.129	0.123			0.129	0.124
	M₄			0.176	0.175			0.173	0.175
	M₅			0.126	0.124			0.128	0.125
	M₆			0.153	0.160			0.154	0.159
	M₇			0.062	0.065			0.063	0.065
	M₈			0.068	0.073			0.067	0.072
Phe₃₀₂	M₀	0.712	0.711	0.402	0.389	0.709	0.708	0.395	0.388
	M₁	0.209	0.210	0.182	0.178	0.210	0.212	0.184	0.181
	M₂			0.416	0.432			0.422	0.432
Gly₂₄₆	M₀	0.747	0.743	0.403	0.399	0.746	0.738	0.401	0.398
	M₁	0.180	0.184	0.164	0.164	0.180	0.188	0.166	0.167
Gly₂₁₈	M₀	0.822	0.821	0.432	0.436	0.822	0.818	0.433	0.435
	M₁	0.178	0.179	0.467	0.463	0.178	0.182	0.467	0.463
Tyr₄₆₆	M₀	0.239	0.234	0.533	0.537	0.234	0.231	0.533	0.537
	M₁	0.355	0.360	0.053	0.050	0.354	0.357	0.053	0.049
	M₂	0.242	0.247	0.053	0.051	0.246	0.248	0.054	0.051
	M₃			0.089	0.087			0.088	0.086
	M₄			0.136	0.130			0.134	0.131
	M₅			0.142	0.140			0.140	0.140
	M₆			0.142	0.143			0.142	0.143
	M₇			0.146	0.146			0.146	0.147
	M₈			0.109	0.113			0.109	0.113
Tyr₃₀₂	M₀	0.716	0.711	0.067	0.071	0.714	0.708	0.069	0.072
	M₁	0.206	0.210	0.062	0.068	0.208	0.212	0.064	0.068
	M₂			0.397	0.389			0.395	0.388
Arg₄₄₂	M₀	0.199	0.195	0.050	0.049	0.187	0.193	0.048	0.046
	M₁	0.332	0.341	0.105	0.106	0.328	0.340	0.118	0.105
	M₂	0.257	0.267	0.183	0.183	0.265	0.268	0.174	0.180
	M₃			0.233	0.232			0.217	0.232
	M₄			0.207	0.204			0.199	0.206
	M₅			0.146	0.149			0.157	0.151
	M₆			0.075	0.078			0.087	0.080
Tre₃₆₁	M₀	0.060	0.061			0.062	0.063
	M₁	0.592	0.613			0.598	0.614
	M₂	0.214	0.204			0.210	0.202

The data comprise experimental GC-MS data (exp) and values predicted by the solution of the mathematical model corresponding to the optimized set of fluxes (calc). The latter were corrected for the presence of natural isotopes [42, 43] to directly match the experimental data. M₀ represents the amount of non-labelled mass isotopomer fraction, M₁ the amount of singly-labelled mass isotopomer fraction and corresponding terms refer to a higher labelling.

Back to article page

ISSN: 1475-2859

Contact us

Submission enquiries: journalsubmissions@springernature.com